Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Zunächst ist zu klären, zu welchem Zeitpunkt der Kanton, gestützt auf die Vollzugsverordnung zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer vom 13. Dezember 1994, den Anspruch auf die Steuerforderung gegenüber dem Pflichtigen geltend machen kann, bzw. wann die Steuerforderung fällig ist.

a) Fälligkeit der Steuerforderung ist der Zeitpunkt, in dem der Steuergläubiger die Erfüllung einer entstandenen Steuerforderung verlangen kann und der Steuerschuldner leisten muss. Dieser Zeitpunkt wird im Gesetz regelmässig genau bestimmt. Er richtet sich nach dem das Steuerobjekt bildenden Sachverhalt. Massgebend ist dabei der Zeitpunkt, in dem die Begründung einer Steuerforderung feststeht. Bei periodischen Steuern ist ungewiss, wann im Einzelfalle die Veranlagungsverfügung erlassen und rechtsbeständig wird. Der Gesetzgeber verfügt, dass für eine bestimmte Steuerperiode sämtliche Steuerforderungen der nämlichen Art in einem durch das Gesetz selbst oder durch die von ihm beauftragte Verwaltungsbehörde festgesetzten Zeitpunkt fällig werden. Ob in diesem Zeitpunkt die Veranlagung einer bestimmten Steuerforderung vollendet oder auch nur begonnen ist, ändert am Eintritt der Fälligkeit nichts, und ebenso wenig die Einschlagung des Steuerjustizweges. Dies kann zur Folge haben, dass Bestand und Umfang der Steuerforderung im Fälligkeitstermin noch nicht feststehen und daher auch eine Einzahlung des wirklich geschuldeten Steuerbetrages nicht möglich ist (vgl. Blumenstein/Locher, System des schweizerischen Steuerrechts, 6. Aufl. 2002, S. 315).

Gemäss Art. 161 Abs. 1 DBG wird die Steuer in der Regel in dem vom Eidgenössischen Finanzdepartement bestimmten Zeitpunkt fällig (allgemeiner Fälligkeitstermin). Nach Art. 1 Abs. 1 der Verordnung über Fälligkeit und Verzinsung der direkten Bundessteuer vom 10. Dezember 1992 gilt als allgemeiner Fälligkeitstermin der 1. März des auf das Steuerjahr folgenden Kalenderjahres. Auf diesen Termin ist gestützt auf Artikel 162 Absatz 1 DBG eine definitive oder provisorische Rechnung zu erstellen.

b) Der volle Umfang des geschuldeten Steuerbetrages des laufenden Jahres ist regelmässig am Ende des Jahres also per 31. Dezember definitiv ermittelbar. Erst zu diesem Zeitpunkt im Jahr sind alle erforderlichen Angaben und Verhältnisse des Steuerpflichtigen bekannt, wobei der Anspruch des Fiskus als solcher mit Datum des 1. März des auf das Steuerjahr folgenden Kalenderjahres gegeben und fällig ist. Der Anspruch des Fiskus entsteht somit keinesfalls am Ende des Jahres, sondern mit dem im Gesetz festgelegten Datum.

3. Des Weiteren drängt sich die Beantwortung der Frage auf, ob eine sog. Zwischenveranlagung im Falle des Konkurses mangels konkreter gesetzlicher Grundlage überhaupt möglich ist.

a) Gemäss Art. 45 DBG wird eine Zwischenveranlagung durchgeführt bei: (a) Scheidung, gerichtlicher oder dauernder tatsächlicher Trennung der Ehegatten; (b) dauernder und wesentlicher Änderung der Erwerbsgrundlagen infolge Aufnahme oder Aufgabe der Erwerbstätigkeit oder Berufswechsels; (c) Vermögensanfall von Todes wegen.

Einerseits lässt die Regelung in Art. 45 DBG den Konkurs unerwähnt, weshalb sich die Vorinstanz auch auf den Standpunkt stellt, es gebe im Fall eines Konkurses keine unterjährige Steuerpflicht resp. Zwischenveranlagung. Andererseits wird gemäss Art. 161 Abs. 4 lit. d DBG die Steuer in jedem Fall bei der Konkurseröffnung über den Steuerpflichtigen fällig.

Im Gegensatz zum kantonalen Recht, wo der Begriff der Zwischenveranlagung seit dem Wechsel bei der Steuerveranlagung von der zweijährigen Vergangenheitszur einjährigen Gegenwartsbemessung (Änderung vom 11. März 1999, in Kraft seit 1. Januar 2001) nicht mehr anzutreffen ist, figuriert er sowohl im Bundesgesetz vom 14. Dezember 1990 über die Harmonisierung der direkten Steuern der Kantone und Gemeinden (StHG) in der Marginalie von Art. 17 StHG, wie auch in Art. 45 DBG, weiterhin.

b) Die Zwischenveranlagung ist eine innerhalb der Steuerperiode stattfindende, unverzügliche Anpassung der Veranlagung an wesentliche Veränderungen der Einschätzungsgrundlagen, um ein Auseinanderklaffen von Steuerbelastung und wirtschaftlicher Leistungsfähigkeit des Steuerpflichtigen zu verhindern. Diesem Zweck entsprechend soll sie nicht einseitig, sondern zugunsten wie zulasten des Steuerpflichtigen wirken (vgl. Daniel Schär in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Art. 45 DBG N 2).

Wie in der kantonalen Regelung in § 11 StG, in welcher Zwischenveranlagungsgründe aufgezählt sind, ohne diese namentlich als solche zu bezeichnen, fehlt sowohl im Steuerharmonisierungsgesetz, wie auch im Recht der direkten Bundessteuern die ausdrückliche Nennung des Konkurses. Es ist daher im Folgenden zu klären, in welchem Rahmen Art. 45 DBG auszulegen ist.

c) Ausgangspunkt jeder Auslegung bildet der Wortlaut der Bestimmung. Ist der Text nicht ganz klar und sind verschiedene Interpretationen möglich, so muss nach seiner wahren Tragweite gesucht werden unter Berücksichtigung aller Auslegungselemente. Abzustellen ist dabei namentlich auf die Entstehungsgeschichte der Norm und ihren Zweck sowie auf die Bedeutung, die der Norm im Kontext mit anderen Bestimmungen zukommt. Die Gesetzesmaterialien sind zwar nicht unmittelbar entscheidend, dienen aber als Hilfsmittel, um den Sinn der Norm zu erkennen. Namentlich bei neueren Texten kommt den Materialien eine besondere Stellung zu, weil veränderte Umstände oder ein gewandeltes Rechtsverständnis eine andere Lösung weniger nahe legen. Das Bundesgericht hat sich bei der Auslegung von Erlassen stets von einem Methodenpluralismus leiten lassen und nur dann allein auf das grammatische Element abgestellt, wenn sich daraus zweifelsfrei die sachlich richtige Lösung ergab (vgl. Entscheid des Bundesgerichts [BGE] 131 II 697, E 4.1).

Da nun weder im Steuerharmonisierungsgesetz noch im Bundesgesetz über die direkten Steuern in den Normen, welche die Zwischenveranlagung regeln, der Konkurs ausdrücklich als Zwischentaxationsgrund genannt wird, stellt sich die Frage, ob Art. 45 DBG die Zwischenveranlagungsgründe abschliessend regelt, oder ob auch in nicht normierten Konstellationen eine Zwischenveranlagung Platz zu greifen hat. Der Wortsinn ist nicht eindeutig, denn es fehlt ein Wörtchen wie "nur", das eine abschliessende Aufzählung nahe legen würde, oder ein anderer sprachlicher Hinweis, der deutlich auf eine beispielhafte Aufzählung schliessen liesse. Als in gleichem Masse konkretisierungsbedürftig erweist sich der Wortsinn von Art. 17 StHG.

Zugunsten einer abschliessenden Regelung lässt sich ins Feld führen, dass die früheren, strukturverwandten Bestimmungen der Art. 96 und 42 BdBSt in der Praxis als abschliessend betrachtet wurden. Allgemein sieht die Lehre den Katalog der Zwischenveranlagungsgründe als abschliessend an, wenngleich die Frage nicht immer ausführlich behandelt wird.

Die Entstehungsgeschichte der zeitlichen Bemessung der direkten Bundessteuer hängt eng mit derjenigen des StHG zusammen. Im Wesentlichen ist festzustellen, dass die Botschaft Steuerharmonisierung keine Ausführungen zu Art. 45 DBG enthält. Solche Ausführungen waren auch nicht erforderlich, beantragte der Bundesrat den Wechsel zum Postnumerandosystem und musste daher die Zwischenveranlagung in seinem DBG-Entwurf gar nicht regeln. In der Gesetzgebungsphase hatten also weder der Bundesrat noch der Nationalrat Anlass, sich mit dem Zwischenveranlagungsproblem materiell auseinanderzusetzen (und der Ständerat tat es, soweit ersichtlich nur oberflächlich). Aus der Entstehungsgeschichte von Art. 45 DBG lässt sich deshalb kein überzeugendes Argument für die Annahme einer abschliessenden Ordnung der Zwischenveranlagungsgründe gewinnen. Damit stellt sich die Anschlussfrage, ob die im Gesetz genannten Zwischenveranlagungsgründe, die offensichtlich auslegungsbedürftig sind, eher weit oder eher eng ausgelegt werden sollen. Die Frage ist umstritten. Reich betrachtet die Zwischenveranlagung als eine veranlagungsmässig aufwendige Korrekturlösung, die sich aus Gründen der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit aufdrängen kann. (vgl. Daniel Schär in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, Art. 45 DBG N 9ff.).

d) Art. 45 DBG, welcher den Konkursfall nun nicht namentlich als Zwischentaxationsgrund erwähnt, steht Art. 161 Abs. 4 lit. d gegenüber, wonach in jedem Fall die Steuer bei der Konkurseröffnung über den Steuerpflichtigen fällig wird. Es ist bei genauerer Betrachtung nicht von der Hand zu weisen, dass sich hier ein Widerspruch auftut, der sich bei einer streng am Wortlaut orientierenden Auslegung von Art. 45 DBG eher hinderlich denn förderlich auf die Durchsetzung von Art. 161 Abs. 4 lit. d auswirkt. In den Gesetzesmaterialien befinden sich keine erhellenden Ausführungen. Die Argumentation der Steuerverwaltung im Schreiben an den Pflichtigen vom 21. Januar 2008, wonach die Anwendung der kantonalen Bestimmung in § 135 Abs. 5 lit. d StG, welche im Wortlaut mit der bundesrechtlichen Regelung in Art. 161 Abs. 4 lit. d fast wörtlich übereinstimmt, nur in Fällen von Steuern auf Kapitalleistungen aus Vorsorge, Grundstückgewinnsteuern und Handänderungssteuer sowie Nachsteuern, Bussen und Gebühren geboten sei, fällt aufgrund der klaren Formulierung beider Normen nicht auf fruchtbaren Boden. Die in Art. 161 Abs. 3 vorgenommene Einschränkung gilt grundsätzlich nicht für Abs. 4 lit. d, weshalb gemäss Art. 161 Abs. 4 lit. d im Falle eines Konkurses sämtliche Steuern und nicht nur die in Abs. 3 aufgezählten fällig werden. Eine hievon abweichende Absicht ist, wie schon dargelegt, den Gesetzesmaterialien nicht zu entnehmen. Vor diesem Hintergrund hat die Auslegung von Art. 45 i.V.m. Art. 161 Abs. 4 lit. d somit der Durchsetzung des materiellen Rechts zu dienen und es ist demzufolge im Falle des Konkurses auf diesen Zeitpunkt hin eine Zwischentaxation vorzunehmen.

e) Entgegen der Ansicht der Steuerverwaltung endet oder beginnt die Steuerpflicht einer in Konkurs gefallenen Person nicht mit Datum der Konkursanmeldung, weshalb Art. 8 Abs. 1 DBG, welcher Beginn und Ende der Steuerpflicht regelt, nicht zur Anwendung kommt. Das DBG regelt zudem im Gegensatz zum kantonalen Recht die Zwischenveranlagung ausdrücklich in den Art. 45 und 46 DBG.

4. Schliesslich sind auch die bundesrechtlichen Regelungen über Schuldbetreibung und Konkurs zu beachten. Im Konkursverfahren wird das ganze Vermögen des Betroffenen zugunsten aller Schulden, liquidiert und der Erlös an die Gläubiger verteilt, wobei dem Schuldner bzw. vorliegend dem Pflichtigen dadurch die Möglichkeit verschafft werden soll, sich wirtschaftlich zu erholen und wieder von vorne zu beginnen.

a) Gemäss Art. 208 Abs. 1 des Bundesgesetzes über Schuldbetreibung und Konkurs (SchKG) vom 11.04.1889 bewirkt die Konkurseröffnung gegenüber der Konkursmasse die Fälligkeit sämtlicher Schuldverpflichtungen des Schuldners mit Ausnahme derjenigen, die durch seine Grundstücke pfandrechtlich gedeckt sind. Der Gläubiger kann neben der Hauptforderung die Zinsen bis zum Eröffnungstage und die Betreibungskosten geltend machen.

Die Konkurseröffnung bewirkt ohne weiteres von Gesetzes wegen die Fälligkeit aller gegenüber der Konkursmasse zu Recht bestehenden Forderungen mit Ausnahme der grundpfändlich gedeckten, ohne dass es hiefür noch einer speziellen Vorkehr des Gläubigers wie beispielsweise einer Kündigung bedürfte. Die Fälligkeit tritt für jene Forderungen ein, die im Konkurs auch als Konkursforderungen geltend gemacht werden können, wobei es keine Rolle spielt, ob eine Forderung ziffernmässig feststeht. Grundvoraussetzung ist lediglich ein Anspruch, der gegen den Gemeinschuldner rechtlich geltend gemacht werden kann. Erst in Zukunft, nach der Konkurseröffnung entstehende Forderungen scheiden aus. Damit stellt sich die Frage nach dem Zeitpunkt der Entstehung einer Forderung (vgl. Kommentar zum Bundesgesetz über Schuldbetreibung und Konkurs, SchKG-Renate Schwob, Art. 208 N 3ff.).

b) Die Geltendmachung der Steuerforderung im Konkurs gestaltet sich verschieden, je nachdem ob diese als gewöhnliche Konkursforderung oder als Masseschuld zu behandeln ist. Der Unterschied liegt darin, dass die Masseschuld aus dem Konkurssubstrat (Aktivmasse) vorweg befriedigt wird (SchKG 262), während gewöhnliche Konkursforderungen lediglich Anspruch auf einen verhältnismässigen Anteil am Nettoergebnis der Konkursliquidation (Konkursdividende) verleihen. Die Konkursforderung setzt in sachlicher Beziehung einen persönlichen Anspruch des Gläubigers gegenüber dem Schuldner voraus. Dies trifft bei der Steuerforderung stets zu, unbekümmert darum, ob der Schuldner als Steuerpflichtiger, als solidarisch Mitverpflichteter oder als Steuerbürge in Anspruch genommen wird. In zeitlicher Beziehung gehört zu den Erfordernissen der Konkursforderung, dass diese vor der Konkurseröffnung entstanden ist, was dann zutrifft, wenn zur Zeit der letztern Rechtsgrund und Entstehungsgrund der Forderung bereits vorhanden waren. Eine Fälligkeit der Forderung wird konkursrechtlich nicht verlangt, da gemäss SchKG 208 die Konkurseröffnung gegenüber der Konkursmasse die Fälligkeit sämtlicher Schuldverpflichtungen des Schuldners mit Ausnahme derjenigen, die durch seine Grundstücke pfandversichert sind, bewirkt. Da nun aber die im Steuergesetz geordnete Fälligkeit des Steueranspruchs zu dessen innerer Struktur gehört, kann sie nicht aus rein vollstreckungsrechtlichen Gründen abgeändert werden. Eine Geltendmachung nicht fälliger Steueransprüche im Konkurs ist deshalb ausgeschlossen, sofern nicht der Steuergesetzgeber selbst die Konkurseröffnung als Fälligkeitsgrund bezeichnet (vgl. Blumenstein/Locher, a.a.O., S. 496).

c) Dieser Fälligkeitsgrund findet sich, wie oben dargelegt, in Art. 161 Abs. 4 lit. d DBG. Das bedeutet nichts anderes, als dass mit Datum der Eröffnung des Privatkonkurses über den Pflichtigen am 16. Juni 2006, sämtliche Forderungen bis zum Zeitpunkt der Konkurseröffnung, worunter auch die Steueransprüche des Bundes fallen, fällig wurden und im Konkursverfahren geltend zu machen sind. Die nach diesem Zeitpunkt entstandenen Forderungen fliessen nicht mehr in die Konkursmasse ein und sind deshalb auf anderem Wege geltend zu machen (vgl. auch SchKG-Renate Schwob, a.a.O., Art. 208 N 9).

Die Steuerverwaltung hat vorliegend mit Forderungseingabe vom 27. Juni 2006 Staats- und direkte Bundessteuern für die Jahre 2001-2005 und Ordnungsbusse Staat 2004 geltend gemacht und legte dieser Forderungseingabe einen Gesamtkontoauszug bei, wobei für das Jahr 2005 die Eingabe auf der Basis einer provisorischen Veranlagung erfolgte. Für das vorliegend strittige Jahr 2006 wurde hingegen kein Anspruch geltend gemacht.

Forderungen derjenigen Gläubiger, welche am Konkurs nicht teilgenommen haben, unterliegen denselben Beschränkungen wie diejenigen, für welche ein Verlustschein ausgestellt worden ist (Art. 267 SchKG). Die Nichtteilnahme am Konkursverfahren bedeutet, dass für die vor der Konkurseröffnung entstandene Forderung kein Verlustschein ausgestellt wurde. Forderungen, für welche kein Verlustschein ausgestellt wurde unterliegen einzig zwei Beschränkungen: Zum einen ist die Forderung unverzinslich und zum anderen kann der Schuldner bei einer erneuten Betreibung die Einrede des fehlenden neuen Vermögens erheben (vgl. SchKG-Matthias Staehelin, a.a.O., Art. 267 N 2ff.). Alle Wirkungen des Verlustscheins, welche die Gläubigerrechte einschränken - also Unverzinslichkeit und Betreibbarkeit nur bei Vorhandensein neuen Vermögens -, treffen auch jene Gläubiger, die am Konkursverfahren nicht teilgenommen haben. Wer seine Forderung nicht eingegeben hat, wird somit hinsichtlich der Nachteile gleich behandelt wie die übrigen Konkursgläubiger (Amonn/Walther, Grundriss des Schuldbetreibungs- und Konkursrechts, 7. Aufl., Bern 2003, § 48 Rz. 30).

Da es die Steuerverwaltung offensichtlich versäumt hat ihre Steuerforderung für das Jahr 2006 für die Zeit vom 1. Januar bis 16. Juni 2006 beim Konkursamt anzumelden, muss sie sich die sich daraus ergebenden Nachteile anrechnen lassen.

d) Mit Bezug auf das materielle Konkursrecht, d.h. die Einwirkung der Konkurseröffnung auf die vermögensrechtlichen Verhältnisse des Schuldners und die ihm gegenüber bestehenden Forderungen greifen mangels einer Ausnahmevorschrift auch bei der Steuer grundsätzlich die allgemeinen Bestimmungen (SchKG 197-220) Platz. Insbesondere geniesst die Steuerforderung kein Vorzugsrecht (Konkursprivileg) gegenüber anderen Gläubigeransprüchen. Sie ist als sog. Kurrentforderung (in 3. Klasse) anzuweisen, vorbehältlich der Befriedigung aus einem eventuellen Steuerpfand (SchKG 219).

Auch im Konkursverfahren ist der Fiskus den übrigen Konkursgläubigern gleichgestellt. Die Steuerforderung wird nur insofern berücksichtigt, als sie nach Massgabe der konkursrechtlichen Vorschriften (SchKG 232 Ziff. 2) im Konkurs angemeldet wurde (vgl. Blumenstein/Locher, a.a.O., S. 498).

5. Aus dem bisher ausgeführten folgt zudem, dass nur der ab dem Tag der Konkurseröffnung bis Ende der Steuerperiode pro rata anfallende Steuerbetrag der in Konkurs gefallenen Person persönlich in Rechnung zu stellen ist, da es sich dabei um eine erst nach der Konkurseröffnung neu entstandene Forderung handelt (E. 4b), für die nicht mehr die Konkursmasse, sondern die steuerpflichtige Person wieder persönlich haftet.

Die Veranlagungsverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Basel-Landschaft vom 23. August 2007 für das ganze Jahr 2006 ist deshalb zu unrecht ergangen, weshalb die Steuerverwaltung anzuweisen ist, den Pflichtigen im Sinne der Erwägungen neu zu veranlagen und dem Beschwerdeführer für die Zeit nach dem Konkurs, bzw. ab dem 17. Juni 2006, neu Rechnung zu stellen.

6. (…)