Aus den Erwägungen:

2. Gemäss Art. 33 Abs. 1 lit. i DBG können von den steuerbaren Einkünften abgezogen werden, die freiwilligen Geldleistungen an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf öffentliche oder auf ausschliesslich gemeinnützige Zwecke von der Steuerpflicht befreit sind (Art. 56 lit. g), wenn die Zuwendungen im Steuerjahr 100 Franken erreichen und insgesamt 10 Prozent der um die Aufwendungen (Art. 26-33 DBG) verminderten steuerbaren Einkünfte nicht übersteigen.

3. Eine Institution dient einem öffentlichen Zweck grundsätzlich dann, wenn sie eine Tätigkeit ausübt, die in den ordentlichen Aufgabenkreis des Gemeinwesens fällt (Ernst Känzig, Die eidgenössische Wehrsteuer [Direkte Bundessteuer], I. Teil, 2. Auflage, Basel 1982, N. 9 f. zu Art. 16; Marco Greter in: Zweifel/Athanas, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Band I/2a, Basel 2000, N. 35 zu Art. 56; vgl. RKE 18/2001 vom 9. Februar 2001). Religiöse Gemeinschaften, die nicht wie die Landeskirchen öffentlichrechtliche Körperschaften sind, verfolgen keinen öffentlichen Zweck; dies wird damit begründet, dass der religiöse Zweck vor allem im Interesse der Vereinsmitglieder selbst oder allenfalls der Mitglaubensgenossen verfolgt wird; er erlaubt ihnen, nach ihrem Bekenntnis zu leben, ohne dass die Glaubensgemeinschaft spezielle Opfer im Interesse Dritter, eben der Öffentlichkeit, erbringt (vgl. Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Basel-Landschaft [VGE BL] vom 5. März 1980 i.S. P.M., in: Basellandschaftliche und Baselstädtische Steuerpraxis [BStPra.], Bd. VII, S. 228 ff. mit weiteren Hinweisen; Entscheid des Regierungsrates vom 16. Januar 1973 i.S. X, in: BStPra., Bd. V, S. 127). Im gleichen Sinn hat sich das Bundesgericht in seinem nicht veröffentlichen Urteil vom 12. Mai 1971 geäussert, so wörtlich; "Il faut conclure des divers éléments examinés cidessus qu'il n'est en tout cas pas arbitraire de ne pas ranger les groupments confessionels parmi les institutions qui vouent a des buts de pure utilité publique. Si leur but est de nature idéale, leur acitivité en revanche ne s'exerce que dans le cadre de la confession qu'ils représentent, et non pas en faveur de la collectivité dans son ensemble" (vgl. VGE BL vom 15. Dezember 1993, E. 1c).

4. Nach der oben angegebenen gesetzlichen Bestimmung werden alternativ auch Spenden zum Abzug zugelassen, deren Empfänger ausschliesslich gemeinnützige Zwecke verfolgt. Eine Ausnahmevorschrift darf im Steuerrecht nicht extensiv interpretiert werden. Gemeinnützigkeit wird deshalb nur dann bejaht, wenn äussere Verhältnisse auf das Vorhandensein eines gemeinnützigen Bedürfnisses hinweisen, die Allgemeinheit dessen Befriedigung wünscht und die am gemeinsamen Werk Beteiligten, ohne Rücksicht auf eigene Vorteile, ausschliesslich für Dritte wirksam werden (Heinz Masshardt, Kommentar zur Direkten Bundessteuer, 2. Auflage, Zürich 1985, N. 10 ff. zu Art. 16; Känzig, a.a.O., N. 13 ff. zu Art. 16; Markus Reich, Gemeinnützigkeit als Steuerbefreiungsgrund, in: Archiv für Schweizerisches Abgaberecht [ASA], 58. Bd. [1989/90], S. 468 ff.; Marco Greter, a.a.O., N. 28 zu Art. 56). Es entspricht seit dem Grundsatzentscheid des Regierungsrates vom 16. Januar 1973 (vgl. a.a.O.) gefestigter Praxis, dass religiöse Institution an sich auch das Merkmal der Gemeinnützigkeit im Sinne der steuerrechtlichen Terminologie nicht erfüllen (vgl. VGE BL vom 15. Dezember 1993, E. 1d).

5. a) Nach dem oben Gesagten verfolgen die religiösen Institutionen des privaten Rechts weder einen öffentlichen Zweck noch können sie schlechthin als gemeinnützig bezeichnet werden. Dies ergibt sich auch aus einer systematischen Gesetzesauslegung e contrario aufgrund des Art. 56 lit. h DBG, der die juristischen Personen, die gesamtschweizerisch Kultuszwecke verfolgen, für den Gewinn, der ausschliesslich und unwiderruflich diesen Zwecken gewidmet ist, von der Steuerpflicht befreit. Die ausdrückliche Einführung dieses Steuerbefreiungstatbestandes zeigt, dass der Begriff des öffentlichen sowie des jener des ausschliesslich gemeinnützigen Zweckes (Art. 56 lit. g) sich nicht mit jenem des Kultuszweckes deckt (vgl. VGE FR vom 4. Oktober 1996 in: Steuer Revue [StR], 52. Bd. [1997], S. 422 E. 1a). Da Art. 33 Abs. 1 lit. i DBG nur die freiwilligen Zuwendungen an juristische Personen mit Sitz in der Schweiz, die im Hinblick auf öffentliche oder ausschliesslich gemeinnützige Zwecke gemäss Art. 56 lit. g DBG von der Steuerpflicht befreit sind, zum Abzug zulässt, können Zuwendungen an die A, die gemäss dem Entscheid der kantonalen Steuerverwaltung vom 14. Juni 2002 wegen Verfolgung von Kultuszwecken von der direkten Bundessteuer befreit worden ist, nicht abgezogen werden (vgl. Kreisschreiben [Nr. 12 der Steuerperiode 1995/96] der Eidg. Steuerverwaltung vom 8. Juli 1994: Steuerbefreiung juristischer Personen, die öffentliche oder gemeinnützige Zwecke [Art. 56 Bst. g DBG] oder Kultuszwecke [Art. 56 Bst. h DBG] verfolgen; Abzugsfähigkeit von Zuwendungen [Art. 33 Abs. 1 Bst. i und Art. 59 Bst. c DBG [nachfolgend: KS EStV Nr. 12 vom 8. Juli 1994], Abs. IV).

Die Abweisung eines Begehrens um steuerlichen Abzug einer Zuwendung an die Zentralverwaltung einer Freikirche ergibt sich abgesehen von der - ständigen Praxis entsprechenden - grundsätzlichen Verneinung eines öffentlichen oder gemeinnützigen Zwecks religiöser Institutionen des privaten Rechts auch aus der Wahrung einer gewissen Symmetrie zur Behandlung von finanziellen Beiträgen Privater an die drei Landeskirchen im Sinne von § 1 des Kirchengesetzes vom 3. April 1950. Die ordentlichen Kirchensteuern, die von deren Angehörigen erhoben werden (vgl. § 8a Kirchengesetz), können bei den direkten Bundessteuern nicht in Abzug gebracht werden; dies, obwohl damit nicht nur die Infrastruktur- und Lohnkosten, sondern mindestens teilweise auch Einrichtungen finanziert werden, welche in den Aufgabenbereich des Gemeinwesens fallen und so dem Allgemeinwohl dienen.

b) Verfolgt eine juristische Person teilweise gemeinnützige oder öffentliche und teilweise religiöse oder andere Zwecke, können Zuwendungen an sie dann abgezogen werden, wenn die Verwendung der Spenden für die steuerlich privilegierte Zwecksetzung (Gemeinnützigkeit) auf die Dauer und für die Steuerbehörden nachvollziehbar sichergestellt ist. Die Empfängerin muss für den ausschliesslich gemeinnützigen Teil in der Regel getrennte Rechtsträger schaffen oder dann ausnahmsweise mindestens klar getrennte Rechnungen mit einem eigenen Einzahlungskonto führen. Das Rechnungswesen ist so auszugestalten, dass die bestimmungsgemässe Verwendung der Spenden im Einzelnen ohne weiteres überprüft werden kann. Den Nachweis für die Erfüllung dieser strengen Anforderungen hat der abzugsfordernde Steuerpflichtige zu erbringen. Wird der Beweis nicht oder nicht genügend erbracht, wird die Zuwendung nicht zum Abzug zugelassen (vgl. KS EStV Nr. 12 vom 8. Juli 1994, Abs. IV Ziff. 2 ; St.Galler Steuerbuch [StB], 46 Nr. 4; Peter Locher, Kommentar zum Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer, Therwil/Basel 2001, N. 87 zu Art. 33).

Dabei ist im vorliegenden Fall insbesondere zu beachten, dass die Kosten für den Unterhalt und die Erweiterung der Kirchengebäude zu den Betriebskosten einer kirchlichen Institution und damit grundsätzlich zu den Aufwendungen für Kultuszwecke gehören. Zuwendungen an solche Infrastrukturkosten einer religiösen Gemeinschaft können daher nicht von steuerbaren Einkünften in Abzug gebracht werden (vgl. VGE BL vom 15. Dezember 1993, E. 5d; StB 46 Nr. 4).

Demzufolge ergibt sich, dass die Vorinstanz die Abzugsfähigkeit der Zuwendungen an die A zu Recht verneint hat, handelt es sich doch bei der Empfängerin um eine private Institution, die Kultuszwecke verfolgt. Auch können die Beschwerdeführer im Lichte der obigen Praxis den Nachweis, dass diese Zuwendungen zur Hälfte ausdrücklich für den ausschliesslich gemeinnützigen Zweck bestimmt waren, nicht erbringen, da die A nicht einen getrennten Rechtsträger oder dann ausnahmsweise mindestens über eine klar getrennte Rechnungen mit einem eigenen Einzahlungskonto für einen ausschliesslich gemeinnützigen Teil verfügt.