Aus den Erwägungen:

1. Im Hauptantrag macht der Vertreter der Pflichtigen an der heutigen Verhandlung geltend, es handle sich vorliegend nicht um ein steuerrechtliches Problem, weshalb nicht auf die Beschwerde einzutreten sei.

a) Nach Ansicht des Vertreters der Pflichtigen handelt es sich bei der vergünstigten Dienstwohnung nicht um Lohnbestandteil. Der Arbeitsvertrag mit der Gemeinde X. enthalte lediglich die Summe des Bruttolohns und die Lohnklasse, nicht jedoch die Wohnung. Der Pflichtige zahle für die Wohnung Mietzins, was eine Ausgabe darstelle und demzufolge auch nicht als Steuersubstrat qualifiziert werden könne, weshalb es sich vorliegend nicht um ein steuerrechtliches Problem handle.

b) Gemäss Art. 16 Abs. 1 DBG unterliegen alle wiederkehrenden und einmaligen Einkünfte der Einkommenssteuer. Als Einkommen gelten auch Naturalbezüge jeder Art, insbesondere freie Verpflegung und Unterkunft sowie der Wert selbstverbrauchter Erzeugnisse und Waren des eigenen Betriebes; sie werden nach ihrem Marktwert bemessen (Abs. 2).

Steuerbar sind nach Art. 17 Abs. 1 DBG alle Einkünfte aus privatrechtlichen oder öffentlichrechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen und andere geldwerte Vorteile.

c) Die Form in welcher Einkünfte zufliessen ist unerheblich. Besteuert werden nicht nur Geldeinkünfte, sondern auch Naturaleinkünfte. Das sind Einkünfte, die dem Steuerpflichtigen in der Form von Sachen, Rechten oder Dienstleistungen zufliessen. In der Regel handelt es sich um Leistungen im Bereich der Erwerbstätigkeit und der geldwerten Leistungen aus Beteiligungen. Voraussetzung der Steuerbarkeit von Naturaleinkünften bildet eine gewisse Disponibilität, sie sind nur steuerbar, wenn und soweit sie in Geld umsetzbar sind oder die Einsparung von Ausgaben ermöglichen (vgl. Reich in: Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a Art. 16 DGB N 20). Als Naturaleinkommen kommen Sachleistungen in Betracht wie die unentgeltlich oder verbilligt zur Verfügung stehende Dienstwohnung (vgl. Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 16 N 73f.).

Die Nutzung der Dienstwohnung hängt vorliegend unmittelbar mit dem Anstellungsverhältnis zusammen, was bedeutet, dass der Pflichtige nur aufgrund dieses Anstellungsverhältnisses in den Genuss der vergünstigten Dienstwohnung gelangt. Es handelt sich vorliegend daher entgegen der Ansicht des Vertreters der Pflichtigen nicht um Ausgaben, sondern vielmehr um eine Naturalleistung des Arbeitgebers an den Arbeitnehmer, deren Bewertung gemäss Art. 16 Abs. 2 DBG zu erfolgen hat. Danach werden Naturaleinkünfte nach ihrem Marktwert bemessen.

In Anbetracht dieser Ausführungen steht fest, dass es sich bei der Beurteilung der Festsetzung der Mietzinsaufrechnung zum steuerbaren Einkommen zweifellos um ein steuerrechtliches Problem handelt.

d) Die Gerichtsbarkeit in Verfassungs-, Verwaltungs- und Sozialversicherungssachen wird gemäss § 1 des Gesetzes über die Organisation der Gerichte und der Strafverfolgungsbehörden vom 22. Februar 2001 (GOG) u.a. auch durch das Steuergericht ausgeübt.

Gemäss Art. 140 Abs. 1 des Bundesgesetzes über die direkte Bundessteuer (DBG) vom 14. Dezember 1990 kann der Steuerpflichtige gegen den Einsprache-Entscheid der Veranlagungsbehörde innert 30 Tagen nach Zustellung bei einer von der Steuerbehörde unabhängigen Rekurskommission schriftlich Beschwerde erheben. Vorliegend ist der Einsprache-Entscheid der Steuerverwaltung vom 20. November 2007 angefochten, weshalb die Beurteilung des vorliegenden Sachverhaltes in die Zuständigkeit des Steuergerichts fällt. Gemäss § 4 der Vollzugsverordnung DBG vom 13. Dezember 1994 i.V.m. § 129 Abs. 1 des Gesetzes über die Staats- und Gemeindesteuern (Steuergesetz, StG) vom 7. Februar 1974 werden Beschwerden, deren umstrittener Steuerbetrag wie im vorliegenden Fall Fr. 2'000.-- nicht übersteigt, vom Präsidenten des Steuergerichts als Einzelrichter beurteilt.

Der Hauptantrag des Vertreters der Pflichtigen, mangels Vorliegens eines steuerrechtlichen Problems, nicht auf die Beschwerde einzutreten, ist demnach abzuweisen.

Da auch alle weiteren Voraussetzungen die in formeller Hinsicht an eine Beschwerde zu stellenden Anforderungen erfüllt sind, ist ohne weitere Ausführungen darauf einzutreten.

3. a) Eventualiter macht der Vertreter der Pflichtigen geltend, es liege ein Verstoss gegen Art. 127 der Bundesverfassung der Schweizerischen Eidgenossenschaft (BV) vom 18. April 1999 vor. Danach ist die Ausgestaltung der Steuern, namentlich der Kreis der Steuerpflichtigen, der Gegenstand der Steuer und deren Bemessung, in den Grundzügen im Gesetz selbst zu regeln. Vorliegend gebe es jedoch keine gesetzliche Grundlage zur Besteuerung einer Wohnung. Die Wohnung sei seit 10 Jahren steuerlich nie berücksichtigt worden. Die nun erhobene Abgabe stelle eine neue Steuer dar. Auch der Lohnausweis auf welchem die vergünstigte Abgabe der Dienstwohnung vermerkt sei, stelle keine gesetzliche Grundlage dar, weshalb von einer Aufrechnung abzusehen sei.

b) Wie unter Ziff. 1 bereits ausgeführt, besteht eine klare gesetzliche Grundlage zur Erhebung der Einkommenssteuer auf sämtlichen wiederkehrenden und einmaligen Einkünften, worunter eben auch die Differenz zwischen den tatsächlich geleisteten Mietzinszahlungen und der Marktmiete fällt. Es ist somit vollumfänglich auf die obigen Ausführungen unter Ziffer 2 zu verweisen. Weitere ergänzende Ausführungen in Zusammenhang mit der Verletzung von Art. 127 BV erübrigen sich aufgrund der erwähnten gesetzlichen Vorschriften im Bundesgesetz über die direkte Bundessteuer. Die Beschwerde erweist sich in diesem Punkt als unbegründet und ist abzuweisen.

c) Des Weiteren sei nach Ansicht des Vertreters der Pflichtigen in der Aufrechnung der Differenz zwischen den tatsächlich geleisteten monatlichen Mietzinszahlungen und dem von der Steuerverwaltung ermittelten Marktwert auch ein Verstoss gegen die Rechtsgleichheit nach Art. 8 BV zu erblicken. Es sei niemand so stark betroffen wie sein Mandant, was eine Ungleichbehandlung darstelle.

Der Umstand, dass andere Personen abweichend vom Gesetz behandelt wurden, gibt dem Steuerpflichtigen grundsätzlich keinen Anspruch darauf, ebenfalls abweichend vom Gesetz behandelt zu werden. Der Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Verwaltung, der eine Übereinstimmung der Entscheidung mit dem Gesetz verlangt, geht der Rücksichtnahme auf eine gleichmässige Rechtsanwendung vor. Nur wenn die Behörde die Aufgabe der in andern Fällen geübten gesetzwidrigen Praxis ablehnt, kann der Bürger verlangen, dass die gesetzwidrige Begünstigung, die dem Dritten zuteil wird, auch ihm gewährt wird. Dabei dürfen freilich keine gewichtigen öffentlichen Interessen einer gesetzwidrigen Rechtsanwendung entgegenstehen. Vorausgesetzt wird im Weiteren, dass sich die Behörde der Rechtswidrigkeit bewusst war und dennoch keine Anstalten traf, ihre Praxis zu ändern. Zudem hat derjenige, der eine rechtsungleiche Behandlung geltend macht, zu beweisen, dass und inwiefern die Behörde, die die angefochtene Entscheidung gefällt hat, in konkreten tatsächlichen und rechtlich gleich liegenden Fällen anders entschieden habe (Richner/Frei/Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, VB zu Art. 109-121, N 96 mit weiteren Hinweisen).

d) Gemäss der Darstellung des Vertreters der Pflichtigen habe die Steuerverwaltung bislang auf eine Aufrechnung der Differenz, zwischen Marktmiete und tatsächlich bezahltem Mietzins, was eine Naturalleistung des Arbeitgebers an den Pflichtigen darstellt und der Einkommenssteuer unterliegt, als Einkommen verzichtet. Die Aufrechnung ist nach dem Geschilderten demnach offensichtlich zu Unrecht unterlassen worden, wodurch die Pflichtigen einen ungerechtfertigten Vorteil erlangt haben. Die in einer früheren Steuerperiode getroffenen Taxationen entfalten jedoch grundsätzlich keine Rechtskraft für spätere Veranlagungen. Vielmehr kann die Steuerbehörde im Rahmen jeder Neuveranlagung eines Steuerpflichtigen sowohl die tatsächliche als auch die rechtliche Ausgangslage vollumfänglich überprüfen und, soweit erforderlich, abweichend würdigen. In Rechtskraft erwächst jeweils nur die einzelne Veranlagung, die als befristeter Verwaltungsakt ausschliesslich für die betreffende Steuerperiode Rechtswirkungen entfaltet. Die späteren Veranlagungen sind daher jederzeit einer erneuten umfassenden Überprüfung zugänglich (Der Steuerentscheid [StE] 2003 B 72.14.2 Nr. 31 E 4.2).

Unregelmässigkeiten können somit auf dem Wege einer alljährlichen Überprüfung der Veranlagung korrigiert werden, was sich nicht nur zu Gunsten sondern ebenso zu Ungunsten eines Pflichtigen auswirken kann. Der Pflichtige kann sich auch wenn sich die Korrektur belastend auf ihn auswirkt und daraus, dass die Steuerverwaltung jahrelang auf eine Aufrechnung verzichtet hat kein Recht ableiten. Es ist somit festzustellen, dass kein Verstoss gegen die Rechtsgleichheit nach Art. 8 Abs. 1 BV vorliegt. Aus all dem bisher gesagten folgt, dass auch der Eventualantrag des Vertreters der Pflichtigen vollständig abzuweisen ist.

4. Subeventualiter stellt der Vertreter der Pflichtigen den Antrag, mangels Erheblichkeit auf eine Aufrechnung zu verzichten. Sodann stellt er subsubeventualiter den Antrag die Aufrechnung auf Fr. 3'192.-- zu beschränken. Beide Anträge erfordern eine Antwort, der eine quantitative Beurteilung der Aufrechnung voranzugehen hat, weshalb die beiden Anträge zusammengefasst und gemeinsam erörtert werden.

a) In der Veranlagungsverfügung zur direkten Bundessteuer 2006 vom 26. April 2007 wurde die monatliche Marktmiete auf Fr. 1'900.-- festgesetzt und den Pflichtigen die Differenz zur effektiv bezahlten Miete in Höhe von Fr. 781.-- aufgerechnet, was zu einer jährlichen Mehrbelastung von Fr. 13'428.-- führte. Im Einsprache-Entscheid wurde diese Aufrechnung unter Berücksichtigung der Wohnlage und aufgrund der Tatsache, dass ein Abwart in Notfällen auch während der Freizeit zur Verfügung stehen müsse, auf Fr. 9'400.-- reduziert.

b) Der dem Steuergericht vorliegende Schätzungsbericht der B. AG, Basel vom 9. Januar 2008, welcher auch der Steuerverwaltung zur Verfügung stand und vom Vertreter der Pflichtigen an der Verhandlung ins Recht gelegt wurde, präsentiert eine detaillierte Aufstellung zu mehreren begutachteten Dienstwohnungen. Die hier in Frage stehende Dienstwohnung in X. ist 101 m ² gross und wurde um einen objektiven und vergleichbaren Wert zu erhalten auf 95 m ² (6 %) reduziert. Für diese 95 m ² wurde unter Berücksichtigung der Lage, des Ausbaustandards, des Zustandes der Wohnung sowie deren Besonderheiten eine monatliche Miete von Fr. 1'222.-- veranschlagt. Der Schulhauslärm bzw. der Abzug für Inkonvenienzen bewirkt eine weitere Reduktion um 20 % und führt so zu einem Grundbetrag von Fr. 980.-- (gerundet). Für die Gartenanlage mit Grillplatz wurden Fr. 50.-- angesetzt und für die Garage sowie für den Bastelraum wurden nochmals Fr. 200.-- veranschlagt, was monatlich einen Mietwert von total Fr. 1'230.-- ergibt.

Laut § 7 der Verordnung über die Vermietung von Wohnungen und Zimmern vom 7. November 1995 (SGS 157.21), die im Eigentum des Kantons Basel-Landschaft stehen, beträgt der Inkonvenienzabzug sogar 25 %. Allerdings wird in dieser Verordnung nicht von einer Normmietfläche ausgegangen, wie dies im Schätzungsbericht der Fall ist. Die in der Schätzung vorgenommene Kalkulation mit Hilfe der Normmietfläche diente einer besseren Vergleichbarkeit zwischen den Objekten. Die Mietwertschätzung geht somit unter Berücksichtigung der Flächenreduktion von 6 %, insgesamt sogar von einem Abzug von 26 % aus. Insofern besteht zwischen der Mietwertschätzung und der Verordnung, welche einen Inkonvenienzabzug von 25 % vorsieht, nur eine geringe Abweichung. Gemäss § 4 Abs. 1 dieser Verordnung haben zudem die Mietzinse grundsätzlich quartier- und ortsüblichen Verhältnissen zu entsprechen.

Auch wenn diese Verordnung nur die Festlegung der Mietzinse und Wohnnebenkosten für kantonseigene Liegenschaften regelt und somit nicht direkt auf Gemeindeliegenschaften angewendet werden kann, so gibt sie doch einen Hinweis auf analoge Verhältnisse und ist somit zumindest als Indiz für die Berechnung von Inkonvenienzabzügen zu betrachten.

c) Der Vertreter der Pflichtigen beantragt, die monatliche Miete von Fr. 1'222.-- um 50 % auf Fr. 611.-- zu reduzieren und die Aufrechnung auf Fr. 3'192.-- zu beschränken. Gemäss den Richtlinien des Schweizerischen Verbandes des Personals öffentlicher Dienste (VPOD), welche der Vertreter der Pflichtigen an der heutigen Verhandlung ins Recht legte, ist für die Dienstwohnung ein angemessener Wohnungszins vorzusehen. Weiter ist bei der Festsetzung des Mietzinses darauf zu achten, dass die Inkonvenienzen gebührend berücksichtigt werden. Der Mietzins sei gemäss diesen Empfehlungen gegenüber dem ortsüblichen Zins für eine vergleichbare Wohnung um mindestens 50 % zu reduzieren. Hiezu ist festzuhalten, dass die Richtlinien des VPOD keine Gesetzeswirkung entfalten. Einer Schätzung des Mietzinses anhand der konkreten Verhältnisse ist gegenüber der Empfehlungen des VPOD der Vorzug zu geben, umso mehr als die Mietwertschätzung der B. AG sich an die gesetzlichen Regelungen für die Liegenschaften des Kantons Basel-Landschaft anlehnt.

Aus diesen Erläuterungen ergibt sich demzufolge, dass auf eine Aufrechnung mangels Erheblichkeit nicht verzichtet werden kann. Die bis 30. September 2006 bezahlte Miete in Höhe von Fr. 595.-- beträgt weniger als die Hälfte der in der Schätzung ermittelten Miete in Höhe von Fr. 1'230.-- und ist deshalb eindeutig zu tief.

Ebenso wenig findet das Begehren des Vertreters der Pflichtigen, die Aufrechnung auf Fr. 3'192.-- zu beschränken, die Zustimmung des Gerichts. Eine Reduktion der Miete von Fr. 1'222.-- um 50 % auf Fr. 611.-- kommt aufgrund dieser Ausführungen nicht in Frage.

5. Nach Ansicht der Steuerverwaltung müsse zur Beurteilung des vorliegenden Falles der Eigenmietwert herangezogen werden. Dazu verweist sie an der Verhandlung auf die Kurzmitteilung Nr. 165 E vom 21. April 2008 sowie auf die bundesgerichtliche Rechtsprechung bezüglich Vorzugsmietzinsen für Verwandte und legt gleichzeitig eine Berechnung des Eigenmietwertes für die hier in Frage stehende Liegenschaft ins Recht. Zwar handle es sich hier nicht um Verwandte jedoch um nahestehende Dritte, weshalb der vorliegende Fall entsprechend zu beurteilen sei. Gemäss den von der Steuerverwaltung eingereichten Berechnungen beträgt der Eigenmietwert im Fall der direkten Bundessteuer Fr. 21'960.--. Danach würde sich der monatliche Mietzins auf Fr. 1'830.-- belaufen.

Die Steuerverwaltung anerkennt, dass es sich vorliegend nicht um einen Fall von Vorzugsmietzinsen unter Verwandten handelt. Für eine analoge Beurteilung des Falles, was im Ergebnis dann zu einer Annäherung des Mietzinses an den Eigenmietwert führen würde, besteht somit letztlich auch aufgrund der gesetzlichen Vorschriften keine Veranlassung. Ausserdem ist im Eigenmietwert der Inkonvenienzabzug nicht berücksichtigt.

6. Aus dem bisher gesagten folgt, dass sich das Steuergericht auf die Mietwertschätzung der B. AG vom 9. Januar 2008 abstützt und den Mietwert in Höhe von Fr. 1'230.-- als zutreffend erachtet. Die im Einsprache-Entscheid der Steuerverwaltung vom 20. November 2007 verfügte Aufrechnung in Höhe von Fr. 9'400.-- ist entsprechend der Mietwertschätzung der B. AG vom 9. Januar 2008 auf Fr. 7'620.-- (= Fr. 1'230.-- - Fr. 595.-- = Fr. 635.-- x 12) zu reduzieren und den Pflichtigen als geldwerte Leistung und somit als Einkommen für das Jahr 2006 aufzurechnen. Die Beschwerde ist aufgrund all dieser Erwägungen teilweise gutzuheissen.

7. a) (…)

b) (…)