Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. a) Bevor eine Streitsache materiell zu beurteilen ist, sind von Amtes wegen die Sachurteilsvoraussetzungen zu prüfen. Das Steuergericht tritt als Beschwerdeinstanz nämlich nur dann auf eine Beschwerde ein und prüft diese materiell, wenn die Sachurteilsvoraussetzungen erfüllt sind. Es entscheidet darüber als Rechtsfrage von Amtes wegen. Dazu gehört auch die Beurteilung der Frage, ob überhaupt ein Anfechtungsobjekt in Form einer gültigen Verfügung bzw. eines gültigen Einsprache-Entscheids vorliegt (vgl. RHINOW/KOLLER/KISS, Öffentliches Prozessrecht und Justizverfassungsrecht des Bundes, u.a. Basel, 1996, S. 182 ff. N 947-953 und S. 234 ff. N 1217 ff.).

b) Die grundsätzlichste der Voraussetzungen, damit eine Verfügung überhaupt wirksam werden kann, stellt die Eröffnung, die Bekanntgabe des Verfügungsinhaltes an die Verfügungsadressaten und die weiteren Betroffenen, dar. Ohne Eröffnung an diejenigen Personen, gegenüber denen die Verfügung gelten soll, erlangt die hoheitliche Wirkung keine Wirksamkeit. Die nicht eröffnete Verfügung vermag denn auch keine Rechtswirkung zu entfalten (Jürg Stadelwieser, Die Eröffnung von Verfügungen, Diss. St. Gallen, 1994, S. 10).

c) Vorliegendenfalls leitete die Steuerverwaltung das Nach- und Strafsteuerverfahren für die Steuerperiode 2001-2005 vom 17. Juli 2007 nur gegen die Ehefrau ein, eröffnete am 27. September 2007 die Verfügung betreffend Nachsteuern und Bussen zur direkten Bundessteuer 2001-2005 und am 10. Dezember 2007 den Einsprache-Entscheid betreffend Nach- und Strafsteuern zur direkten Bundessteuer 2001-2005 ebenfalls nur an diese. Weder das Nach- und Strafsteuerverfahren für die Steuerperiode 2001-2005 noch die Verfügung betreffend Nachsteuern und Bussen zur direkten Bundessteuer 2001-2005 und der Einsprache-Entscheid betreffend Nach- und Strafsteuern zur direkten Bundessteuer 2001-2005 wurden beim Ehemann eingeleitet resp. eröffnet. Der in der fraglichen Nachsteuerperiode mit dem Steuerpflichtigen verheiratete Ehegatte ist jedoch ebenfalls in das Verfahren einzubeziehen. Die Nachsteuer wird für Steuerperioden, in welcher die Ehegatten in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe lebten, beiden Ehegatten auferlegt, auch wenn sie inzwischen getrennt leben bzw. geschieden sind (RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 153 N 14). Daraus folgt, dass die Verfügung betreffend Nachsteuern und Bussen zur direkten Bundessteuer 2001-2005 vom 27. September 2007 und der Einsprache-Entscheid betreffend Nach- und Strafsteuern zur direkten Bundessteuer 2001-2005 mit einem Eröffnungsmangel behaftet sind.

3. Es bleibt somit zu prüfen, wie in Fällen fehlerhafter Verwaltungsakte, wozu zweifellos die mangelhaft eröffnete Verfügung und der mangelhaft eröffnete Einsprache-Entscheid zählen, zu verfahren ist und welche Rechtsfolgen dies nach sich zieht.

a) Die Folgen mangelhafter Eröffnung werden in Art. 38 des Bundesgesetz über das Verwaltungsverfahren vom 20. Dezember 1968 (VwVG) äusserst kurz und allgemein umschrieben. Der Leitgedanke bestimmt, dass den Parteien aus mangelhafter Eröffnung kein Nachteil erwachsen darf. Welche Eröffnungsmängel konkret welche Folgen bewirken, ist nicht gesetzlich festgehalten (Jürg Stadelwieser a.a.O., S. 14, vgl. auch RHINOW/KOLLER/KISS, S. 75 N 380). Allgemein dazu ist zunächst festzuhalten, dass fehlerhafte Verwaltungsakte in der Regel nicht nichtig, sondern nur anfechtbar sind, und sie durch Nichtanfechtung rechtsgültig werden. Bei der Abgrenzung zwischen blosser Anfechtbarkeit und Nichtigkeit folgt die jüngere Rechtsprechung der so genannten Evidenztheorie. Danach ist eine Verfügung nichtig, wenn der ihr anhaftende Mangel besonders schwer und offensichtlich oder zumindest leicht erkennbar ist und zudem die Rechtssicherheit dadurch nicht ernsthaft gefährdet wird. Nichtigkeit bedeutet absolute Unwirksamkeit einer Verfügung. Eine nichtige Verfügung entfaltet keinerlei Rechtswirkungen. Sie ist vom Erlass an (ex tunc) und ohne amtliche Aufhebung rechtlich unverbindlich. Die Nichtigkeit ist nur ausnahmsweise anzunehmen.

In der Regel bewirkt die Fehlerhaftigkeit einer Verfügung nur deren Anfechtbarkeit. Die Anfechtbarkeit bedeutet, dass die fehlerhafte Verfügung an sich gültig ist, aber von den Betroffenen während einer bestimmten Frist in einem förmlichen Verfahren angefochten werden kann, was zur Aufhebung oder Änderung der Verfügung führen kann. Aber auch im Falle der Anfechtung verliert eine Verfügung nicht ohne weiteres ihre Rechtswirkungen, sondern erst, wenn sie durch einen Entscheid aufgehoben oder abgeändert wird. Weiter muss die Verfügung innert der Anfechtungsfrist und nach Massgabe der gesetzlichen Formvorschriften angefochten werden. Während die Nichtigkeit von Amtes wegen berücksichtigt werden muss und von jedermann geltend gemacht werden kann, ist die Anfechtung nur durch die Betroffenen, in Ausnahmefällen auch durch Dritte, möglich (zum Ganzen: HÄFELIN/MÜLLER/UHLMANN, Allgemeines Verwaltungsrecht, 5. Auflage, Zürich 2006, S. 199 ff. N. 951 ff., mit Hinweisen).

b) Eine Verfügung erlangt weder rechtliche noch tatsächliche Existenz, wenn ein unverzichtbarer, eigentlicher Verfahrensbestandteil fehlt, welcher erst der Verfügung Geltungskraft vermitteln würde. So kommt die Verfügung gar nicht erst zustande, wenn die Eröffnung vollständig unterbleibt. Die Bekanntgabe ist unabdingbarer Bestandteil des auf den Erlass der Verfügung hinzielenden Verwaltungsverfahrens. Wird dagegen die Verfügung nur einem einzelnen der Betroffenen nicht bekannt gemacht, so ist nicht das Zustandekommen der Verfügung angesprochen, sondern die Rechtsfolge des Eröffnungsfehlers bezüglich der ungleich behandelten Betroffenengruppierungen (Jürg Stadelwieser a.a.O., S. 148).

c) Vorliegend hat der Vertreter der Pflichtigen bereits in der Einsprachebegründung vom 5. November 2007 bemängelt, dass die angefochtene Verfügung nur der Ehefrau und nicht auch dem Ehemann eröffnet worden sei. Auch könne die Haftung für die Unterlassung des Ehemannes nicht nur seine Mandantin treffen, sondern liege bei beiden, damals nicht getrennt lebenden Ehegatten. Auch in der Beschwerde vom 10. Januar 2008 macht der Vertreter der Pflichtigen geltend, dass für die Zeit der ehelichen Gemeinschaft eine gemeinsame Steuerpflicht bestanden habe, weshalb das Nach- und Strafsteuerverfahren auch gegen den Ehemann durchzuführen sei. Wie bereits unter Ziffer 2c erwähnt, ist der in der fraglichen Nachsteuerperiode mit dem Steuerpflichtigen verheiratete Ehegatte jedoch ebenfalls in das Verfahren einzubeziehen. Die Nachsteuer wird für Steuerperioden, in welcher die Ehegatten in rechtlich und tatsächlich ungetrennter Ehe lebten, beiden Ehegatten auferlegt, auch wenn sie inzwischen getrennt leben bzw. geschieden sind. Durch die Aufrechnung der nicht deklarierten Unterhaltszahlungen in Höhe von Fr. 6'000.-- wird sich das satzbestimmende Einkommen der Ehegatten erhöhen. Dadurch werden ebenfalls die Steuerfaktoren des Ehemannes tangiert, weshalb dem Ehemann auch das rechtliche Gehör gewährt werden muss. Dadurch, dass die Steuerverwaltung die Verfügung betreffend Nachsteuern und Bussen zur direkten Bundessteuer 2001-2005 vom 27. September 2007 und den Einsprache-Entscheid betreffend Nach- und Strafsteuern zur direkten Bundessteuer 2001-2005 vom 10. Dezember 2007 nur teilweise den Betroffenen eröffnet hat, kann dieser Mangel lediglich durch Aufhebung des Einsprache-Entscheides und der Verfügung behoben werden.

Zusammenfassend ist somit festzuhalten, dass die Beschwerde im Sinne der Erwägungen gutzuheissen ist, indem der Einsprache-Entscheid betreffend Nach- und Strafsteuern zur direkten Bundessteuer 2001-2005 und die Verfügung betreffend Nachsteuern und Bussen zur direkten Bundessteuer 2001-2005 aufzuheben sind. Das Verfahren wird zur Neubeurteilung an die Steuerverwaltung zurück gewiesen.

4. Nachfolgend ist zu prüfen, ob der Beschwerdeführerin betreffend die Verfahrenskosten für das Beschwerdeverfahren der Kostenerlass bewilligt werden kann.

a) Fehlen einer Partei die nötigen Mittel und erscheint ihr Begehren nicht offensichtlich als aussichtslos, so wird sie nach § 130 StG i.V.m. § 22 des Gesetzes über die Verfassungs- und Verwaltungsprozessordnung vom 16. Dezember 1993 (VPO) auf ihr Begehren von der Bezahlung der Verfahrenskosten und der Kosten von Beweismassnahmen befreit. Für den Nachweis der Mittellosigkeit gilt § 71 Abs. 1 des Gesetzes betreffend die Zivilprozessordnung vom 21. September 1961 (ZPO).

Gemäss § 71 Abs. 1 ZPO können Parteien, die infolge Bedürftigkeit ausserstande sind, die Prozesskosten aufzubringen, um Bewilligung der unentgeltlichen Prozessführung ersuchen. Das Gesuch ist zu bewilligen, sofern die Bedürftigkeit glaubhaft und das Begehren nicht aussichtslos erscheinen. Aussichtslos ist ein Prozess, bei dem die Gewinnchancen kaum ernsthaft sowie beträchtlich geringer als die Verlustgefahren sind, so dass eine nicht bedürftige Partei sich vernünftigerweise nicht zu diesem Prozess entschliessen würde (RICHNER/FREI/KAUFMANN, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, Art. 144 N 24; Bundesgerichtsentscheid [BGE] 122 I 267, S. 271, ).

b) Der Minimalbedarf der Beschwerdeführerin ist in Anwendung der Richtlinien für die Berechnung des betreibungsrechtlichen Existenzminimums (Notbedarf) vom 1. März 2001 nach Art. 93 des Bundesgesetzes über Schuldbetreibung und Konkurs vom 11. April 1889 (SchKG) zu berechnen. Gemäss bundesgerichtlicher Rechtsprechung ist jedoch nicht ausschliesslich auf das betreibungsrechtliche Existenzminimum abzustellen, sondern sind auch die Umstände des Einzelfalles zu berücksichtigen (vgl. BGE 106 Ia 82, E. 3, ). Diesen Anforderungen wird Genüge getan, wenn ein Zuschlag von 15% zum Grundbetrag gewährt wird und die Steuern, die im betreibungsrechtlichen Notbedarf nicht eingeschlossen sind, berücksichtigt werden (vgl. Entscheid des Obergerichts des Kantons Basel-Landschaft vom 14. August 1995, ).

c) Somit berechnen sich die verfügbaren Mittel, das erweiterte Existenzminimum und der freie Betrag der Gesuchstellerin wie folgt:

Verfügbare Mittel 2007	pro Monat in Fr.
Einkommen der Gesuchstellerin
Total	357.--
Unterhaltsbeiträge an Ehefrau und Kinder	4'690.--
Unterhaltsbeiträge an Kind D von Hr. C
Gesamttotal	5'547.--
Erweitertes Existenzminimum
Monatlicher Grundbetrag Alleinstehend	1'250.--
Monatlicher Grundbetrag Kinder	1'700.--
Zuschlag von 15 % auf Fr. 2'950.--	442.50
Mietzins	2'219.--
Steuern	200.--
Krankenkasse Grundversicherung	405.--
Berufsauslagen (gem. Angabe Pflichtige)
Total	6'455.50
Freier Betrag	- 908.50-

Die Gesuchstellerin verfügt demzufolge gemäss vorangehender Aufstellung über keinen freien Betrag. Es fehlen ihr die nötigen Mittel, um ein Verfahren durchzuführen und ihr Begehren erscheint nicht offensichtlich als aussichtslos. Dementsprechend ist das Gesuch um Gewährung der unentgeltlichen Prozessführung und kostenlosen Beizugs eines Anwalts gutzuheissen.

5. (…)