Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. a) Gemäss Art. 17 Abs. 1 DBG sind alle Einkünfte aus privatrechtlichem oder öffentlichrechtlichem Arbeitsverhältnis mit Einschluss der Nebeneinkünfte wie Entschädigungen für Sonderleistungen, Provisionen, Zulagen, Dienstalters- und Jubiläumsgeschenke, Gratifikationen, Trinkgelder, Tantiemen, und andere geldwerte Vorteile steuerbar. Zum steuerbaren Einkommen gehören demzufolge auch Pauschalspesen. Spesenentschädigungen werden in der Praxis entweder pauschaliert oder in Form von Repräsentationsspesen als echte Pauschalspesen ausbezahlt. Repräsentationsspesen in Form von echten Pauschalspesen sollen insbesondere kleinere Spesen oder Spesen ausserhalb der eigentlichen, direkten Firmentätigkeit entschädigen. Die steuerliche Behandlung der Pauschalspesen auf Ebene der Begünstigten folgt bei bewilligten Reglementen dem Reglement (vgl. Hubertus Ludwig in Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, Basel 2004, N. 22ff. zu § 53).

b) Nach der Praxis des Kantons Basel-Landschaft wird bei Pauschalspesenvergütungen, denen kein genehmigtes Reglement zu Grunde liegt, ein Freibetrag von Fr. 5000.-- gewährt. Dieser Abzug von Fr. 5'000.-- wird von der Steuerverwaltung aus verwaltungsökonomischen Gründen ohne Aufrechnung akzeptiert. Ist der Spesenbetrag jedoch höher, wird von der verbleibenden Summe die Hälfte zum steuerbaren Einkommen aufgerechnet. Eine Aufrechnung findet dann nicht statt, wenn der Steuerpflichtige die Belege für seine Auslagen gesammelt hat und die als Spesen deklarierte Summe anhand dieser Belege nachweisen kann. Das Sammeln und Aufbewahren der Spesenbelege ist indessen oft mit einem erheblichen Administrationsaufwand sowohl seitens des Arbeitnehmers als auch seitens des Arbeitgebers verbunden. Deshalb entschädigen viele Arbeitgeber ihre Mitarbeiter für entstandene Spesen entsprechend einem Spesenreglement nach pauschalen Ansätzen. Schwierigkeiten bei der Abschätzung der angemessenen Höhe einer pauschalen Entschädigung ergeben sich v.a. bei den Repräsentationsspesen. Die als unangemessen hoch beurteilten pauschalen Spesenentschädigungen werden im Umfang des übersetzten Teils als steuerbares Einkommen aufgerechnet. Aus verfahrensökonomischen Gründen empfiehlt es sich deshalb, Spesenreglemente vorgängig der zuständigen Steuerverwaltung zur Genehmigung vorzulegen (vgl. Irene Findeisen/Ralph Theiler in Nefzger/Simonek/Wenk, Kommentar zum Steuergesetz des Kantons Basel-Landschaft, Basel 2004, N. 21 zu § 24). In der Praxis haben sich jedoch genehmigte Spesenreglemente noch nicht allseits etabliert und es bleibt den Steuerpflichtigen daher nicht erspart möglichst viele Belege zu sammeln, um den geforderten Nachweis über die getätigten Auslagen erbringen zu können.

3. a) Im vorliegenden Fall geht aus dem Lohnausweis des massgebenden Bemessungsjahres 2003 hervor, dass die Arbeitgeberin dem Steuerpflichtigen Repräsentationsspesen in Höhe von Fr. 24'000.-- ausgerichtet hat. Ein vom Kanton genehmigtes Spesenreglement lag der Steuerverwaltung nicht vor. Ebenso wenig reichte der Steuerpflichtige Belege für Repräsentationsauslagen ein. Praxisgemäss wurde dem Beschwerdeführenden ein Betrag von Fr. 9'500.-- aufgerechnet. Dagegen brachte der Beschwerdeführer vor, dass ihm von der Steuerverwaltung ein abziehbarer Spesenanteil in Höhe von Fr. 20'000.-- im Jahre 1992 zugesichert worden sei. Zudem wurde ihm in einer Mitteilung zum Ergebnis der Buchprüfung vom 6. März 2003 bestätigt, dass er die hohen Bezüge mit glaubhaften Argumenten genügend verteidigt habe.

b) Der Beschwerdeführer beruft sich somit auf den Grundsatz von Treu und Glauben, auf die Zusicherung der Steuerverwaltung, die Pauschalspesen würden ohne weitere Nachweise anerkannt. Der Grundsatz von Treu und Glauben findet nicht nur im Privatrecht, sondern ebenfalls im öffentlichen Recht und insbesondere auch im Steuerrecht Anwendung. Allerdings ist seine Tragweite im Steuerrecht, das vom Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Besteuerung beherrscht ist, geringer als in anderen Rechtsgebieten. Die Steuerverwaltung hat vorliegend den Beschwerdeführenden rechtzeitig und mehrmalig auf eine bevorstehende Praxisänderung hingewiesen. Er kann sich danach nicht mehr auf die bis dahin geltende Rechtslage berufen. Die in einer früheren Steuerperiode getroffenen Taxationen entfalten grundsätzlich keine Rechtskraft für spätere Veranlagungen. Vielmehr kann die Steuerbehörde im Rahmen jeder Neuveranlagung eines Steuerpflichtigen sowohl die tatsächliche als auch die rechtliche Ausgangslage vollumfänglich überprüfen und, soweit erforderlich, abweichend würdigen. In Rechtskraft erwächst jeweils nur die einzelne Veranlagung, die als befristeter Verwaltungsakt ausschliesslich für die betreffende Steuerperiode Rechtswirkungen entfaltet. Die späteren Veranlagungen sind daher jederzeit einer erneuten umfassenden Überprüfung zugänglich (Der Steuerentscheid [StE] 2003 B 72.14.2 Nr. 31 E 4.2). In einem Schreiben der Steuerverwaltung vom 21. September 1992 wurde dem Steuerpflichtigen "inskünftig" ein Pauschalspesenabzug von Fr. 20'000.- zum Abzug zugesichert. Aus diesem und aus dem Schreiben vom 12. Januar 1993 hat der Steuerpflichtige den Schluss gezogen, dass er zukünftig berechtigt sei Spesen in Höhe von Fr. 20'000.-- geltend zu machen, ohne die angegebene Summe belegen zu müssen. Aus diesen Schreiben ist tatsächlich ein gewisser Vertrauensschutz ableitbar. So wäre der Beschwerdeführer in seinem Vertrauen auf die bisherige Praxis zu schützen, im Falle ihn die Steuerverwaltung nicht auf eine kommende Praxisänderung hingewiesen hätte. Ein erster Hinweis bezüglich einer kommenden Praxisänderung wurde dem Beschwerdeführenden bereits mit Bericht zum Ergebnis der Buchführung vom 6. März 2003 gegeben. Dem Beschwerdeführenden wäre es somit möglich gewesen, Belege für die hier in Frage stehende Steuerperiode zu sammeln. In dem ausdrücklich als Änderungsanzeige benannten Schreiben vom 3. Juni 2003 wurde dem Beschwerdeführenden weiter mitgeteilt, dass der Pauschalspesenabzug ohne detaillierten Nachweis für die Jahre 2001 und 2002 zugelassen werde, für das Jahr 2003 jedoch ein detaillierter Nachweis erforderlich sei, ansonsten eine steuerliche Aufrechnung stattfinden würde. Trotz der mehrfach angekündigten Änderungen im Vorfeld zur Steuererklärung 2003 und mehrmaliger Aufforderungen der Steuerverwaltung, zuletzt mit einer nicht erstreckbaren Frist bis zum 30. September 2005, die geforderten Belege nachzureichen, hat es der Beschwerdeführer bis heute versäumt dem nachzukommen. Demzufolge hat der Beschwerdeführer nicht glaubhaft dargelegt, dass seine effektiv berufsbedingten Auslagen höher waren als der von der Steuerverwaltung angerechnete Betrag von Fr. 14'500.--. Von den dem Beschwerdeführenden von seiner Arbeitgeberin ausgerichteten Repräsentationsspesen von Fr. 24'000.- rechnete die Steuerverwaltung zu Recht den Fr. 5'000.-- übersteigenden Betrag zur Hälfte, d.h. insgesamt Fr. 9'500.- als steuerbares Einkommen auf. Insoweit erweist sich der Rekurs als unbegründet und ist somit abzuweisen.

4. (…)

5. (…)