Aus den Erwägungen:

1. (…)

2. Gemäss Art. 26 Abs. 1 lit. d DBG können die mit dem Beruf zusammenhängenden Weiterbildungskosten abgezogen werden. Nicht abzugsfähig sind gemäss Art. 34 lit. b DBG die Ausbildungskosten.

a) Unter den nicht abziehbaren Ausbildungskosten sind Aufwendungen zu verstehen, welche die Ausübung eines bestimmten Berufs überhaupt ermöglichen oder hierzu befähigen. Sie bilden mangels qualifiziert engen wesentlichen Zusammenhangs mit einer vorbestehenden so genannten angestammten beruflichen Tätigkeit keine Berufskosten im Sinn des Gesetzes, sondern nicht abzugsfähige private Lebenshaltungskosten (vgl. Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich [VGE ZH] vom 22. September 2004 [SB.2004.00036] E. 2.1 mit weiteren Hinweisen, ).

Als abziehbare mit dem Beruf zusammenhängende Weiterbildungskosten gelten Aufwendungen, mit welchen die Erhaltung und/oder Sicherung der vom Steuerpflichtigen erreichten beruflichen Stellung oder der Aufstieg im angestammten Beruf im normalen Rahmen bezweckt wird (vgl. VGE ZH vom 22. September 2004 [SB.2004.00036] E. 2.1 mit weiteren Hinweisen, a.a.O.). Es sind alle Kosten der Weiterbildung abzugsfähig, die objektiv mit dem gegenwärtigen Beruf der steuerpflichtigen Person im Zusammenhang stehen und welche die steuerpflichtige Person zur Erhaltung ihrer beruflichen Chancen für angezeigt hält, auch wenn sich die Ausgaben als nicht absolut unerlässlich erweisen, um die gegenwärtige berufliche Stellung nicht einzubüssen (vgl. Urteil des Schweizerischen Bundesgerichts [BGE] 2A.671/2004 vom 6. Juli 2005, E. 2.1, ). Der Zusammenhang fehlt, wenn es nur um persönliche Bereicherung - etwa im Sinne kultureller Weiterbildung - geht (vgl. BGE 113 Ib 114 E. 3b S. 121). Eine Weiterbildung liegt somit stets vor, wenn das Lernen darauf ausgerichtet ist, das zur Ausübung der betreffenden beruflichen Tätigkeit erforderliche Fachwissen zu aktualisieren, zu vertiefen und zu erweitern. Das in Frage stehende berufliche Fachwissen kann in der Praxis erlernt worden sein. Einer diesbezüglichen eigentlichen Grundausbildung - die es im Übrigen für verschiedene berufliche Tätigkeiten gar nicht gibt - bedarf es nicht (vgl. Michael Beusch, Bildungskosten - Eine Analyse von Aus- und Weiterbildung anhand neuerer Entwicklungen in der Rechtsprechung, Zeitschrift für Schweizerisches und Internationales Steuerrecht, Aufsätze, Ziff. 24 und 47, ; VGE ZH vom 22. September 2004 [SB.2004.00036] E. 2.1, a.a.O.). Abzugsfähig sind etwa die Auslagen der kaufmännischen Angestellten für den Erwerb des eidgenössischen Diploms als Verkaufsleiterin (vgl. Entscheid des Steuergerichts Nr. 53/2005 vom 27. Mai 2005) oder den Lehrgang Betriebswirtschafter HF (StGE Nr. 103/2005 vom 19. August 2005) sowie die Aufwendungen des kaufmännischen Angestellten, der dipl. Buchhalter/Bücherexperte wird oder des Malers, der die Meisterprüfung ablegt (vgl. Kreisschreiben Nr. 26 der Steuerperiode 1995/96 vom 22. September 1995 der eidgenössischen Steuerverwaltung zur direkten Bundessteuer betr. Abzug von Berufskosten der unselbständigen Erwerbstätigkeit, ; Steuerinformationen, Schweiz. Steuerkonferenz SSK [Hrsg.], Die Einkommenssteuer der natürlichen Personen [Stand der Gesetzgebung: 1. Januar 2003], S. 64 Ziff. 321.252, ).

Hingegen sind Auslagen für eine Fortbildung, die zum Aufstieg in eine eindeutig vom bisherigen Beruf zu unterscheidende höhere Berufstellung (sog. Berufsaufstiegskosten) oder gar zum Umstieg in einen anderen Beruf dient, keine Weiterbildungskosten im Sinn von Art. 26 Abs. 1 lit. d DBG. Sie werden nicht für eine Weiterbildung im Rahmen des bereits erlernten und ausgeübten Berufs erbracht, sondern letztlich für eine neue Ausbildung (vgl. BGE 2A.671/2004 vom 6. Juli 2005, E. 2.2, a.a.O.). Als solche nicht abzugsfähige Auslagen gelten beispielsweise jene einer Psychologin zur Erlangung der Bewilligung zur Ausübung des Berufes der selbständigen Psychotherapeutin (StGE Nr. 144/2001 vom 28. September 2001, ), eines Arztes oder einer Ärztin zur Erlangung des Titels des Facharztes FMH für Psychiatrie und Psychotherapie (vgl. BGE 2A.182/2005 vom 17. Oktober 2005, ), eines Juristen zum Erwerb des Anwaltspatents (StGE Nr. 50/2000 vom 12. Mai 2000) oder eines diplomierten Betriebsökonomen HWV zum Master of Business Administration (vgl. BGE 2A.623/2004 vom 6. Juli 2005, ).

b) Die Tatsachen, welche einen bestimmten Aufwand als abzugsfähige Weiterbildungskosten im Sinne von Art. 26 Abs. 1 lit. d DBG erscheinen lassen, sind steuermindernd und deshalb von der steuerpflichtigen Person darzutun und nachzuweisen. Dieser Nachweis muss in der Beschwerdeschrift durch substanziierte Sachdarstellung und durch Beschaffung oder Bezeichnung von Beweismitteln für die Richtigkeit seiner Darstellung geleistet werden (vgl. Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N. 51 f. zu Art. 140).

3. a) Im der Beschwerde wurde vorgebracht, dass der Steuerpflichtige seit 2000 ausgebildeter Arzt sei und er sich nicht neue Kenntnisse aneigne, sondern er ergänze seine bereits gewonnene praktische Erfahrung mit vertieftem Wissen. Es sei zudem nicht ersichtlich, inwiefern eine psychotherapeutische Selbsterfahrung, also eine begleitete Psychotherapie mangels Vermittlung neuer fachlicher Kenntnisse, als berufliche Neuausbildung betrachtet werden könne. Dagegen wandte die Steuerverwaltung ein, dass im Entscheid des kantonalen Steuergerichts (BStPra XVII, 195 ff.) die Kosten zum Erwerb des Facharzttitels als eine Zusatzausbildung bezeichnet worden seien, da die damit verbundene Spezialisierung zu einem Aufstieg in eine eindeutig vom bisherigen Beruf zu unterscheidende höhere Berufsstellung führe. Nicht nur der Erwerb des Facharzttitels, sondern generell auch Lehrgänge im universitären Umfeld würden nach gefestigter Praxis des Steuergerichts als Ausbildungsmassnahmen qualifiziert. Des Weiteren werde vom Beschwerdeführer nicht bestritten, dass die Auslagen von Fr. 450.-- für die Selbsterfahrung im Zusammenhang mit dem psychotherapeutischen Lehrgang stünden.

b) Der Beschwerdeführer darf nach Art. 2 Abs. 2 des Bundesgesetzes betreffend die Freizügigkeit des Medizinalpersonals in der Schweizerischen Eidgenossenschaft vom 19. Dezember 1877 [SR 811.11] als Arzt mit eidgenössischem Diplom nur unter Aufsicht ärztliche Behandlungen vornehmen. Lediglich Ärzten, die einen Weiterbildungstitel erworben haben, ist nach Art. 11 dieses Gesetzes eine selbständige Tätigkeit als Arzt in der ganzen Schweiz erlaubt. Vorliegend ist davon auszugehen, dass der Beschwerdeführer einen solchen Weiterbildungstitel, den so genannten Facharzt für Psychiatrie und Psychotherapie im Sinne der Verordnung vom 17. Oktober 2001 über die Weiterbildung und die Anerkennung der Diplome und Weiterbildungstitel der medizinischen Berufe [SR 811.113] anstrebt. Die Dauer dieser Weiterbildung beträgt sechs Jahre, was auch bedeutet, dass es sich dabei nicht nur um eine Vertiefung und Aktualisierung bereits vorhandener Kenntnisse handeln kann. Ziel dieser Weiterbildung ist im Allgemeinen der geregelte Erwerb der praxisnotwendigen Kenntnisse, Erfahrungen und Fertigkeiten für definierte ärztliche Tätigkeiten nach Abschluss des entsprechenden Studiums (Art. 6 Abs. 1 der Verordnung) (BGE Nr. 2A. 182/2005 E 3.1 vom 17. Oktober 2005, a.a.O.). Nach Erwerb eines solchen Titels ist der Betreffende berechtigt, in der ganzen Schweiz den Arztberuf selbständig auszuüben. Mit der Absolvierung der Ausbildung zur Fachärztin bzw. zum Facharzt verbessern sich die beruflichen Möglichkeiten langfristig und entsprechend diesen Kenntnissen ist es dem Beschwerdeführer auch möglich, anspruchsvollere ärztliche Tätigkeiten auszuüben. Ärztinnen und Ärzten erleichtert der Facharzttitel somit das wirtschaftliche Fortkommen und erhöht ihren Wert auf dem Arbeitsmarkt. Im Hinblick auf die Patienten ist zu erwähnen, dass in deren Bewusstsein Ärztinnen und Ärzte, die eine fachärztliche Ausbildung vorweisen können, als besonders qualifiziert gelten. Aus den vorgehenden Ausführungen ist zu schliessen, dass der Erweb des Facharzttitels keine Weiterbildung darstellt, sondern eine Zusatzausbildung. Die hiefür geltend gemachten Kosten können demzufolge nicht zum Abzug zugelassen werden.

c) Der Beschwerdeführer ist seit dem Jahre 2000 ausgebildeter Arzt und seit August 2004 psychotherapeutisch tätig. Im Wintersemester 2004/05 besuchte er einen Kurs im Rahmen des postgradualen Studienganges in Psychotherapie der Fakultät für Psychologie (PSP) an der Universität Basel und nahm im Dezember 2004 an Psychotherapiestunden bei lic. Phil. C. X., Fachpsychologe für Psychotherapie FSP teil. Die durch diese Kurse und Therapiestunden entstandenen Kosten von Fr. 1800.-- für Semestergebühren an der Universität Basel und Fr. 450.-- für drei Psychotherapiesitzungen macht der Steuerpflichtige als Auslagen für Weiterbildung geltend. Der Beschwerdeführer strebt vorliegend den Facharzttitel für Psychiatrie und Psychotherapie an, weshalb es sich bei den von ihm geltend gemachten Auslagen nicht um blosse Weiterbildungskosten handeln kann. In Anbetracht dieser Umstände erscheinen die geltend gemachten Aufwendungen als Ausbildungskosten zum Erwerb der notwendigen Voraussetzungen zur Ausübung des Berufes des Facharztes FMH für Psychiatrie und Psychotherapie, weshalb diese nicht von den steuerbaren Einkünften abziehbar sind. An dieser Tatsache ändert auch das von den kantonalen psychiatrischen Diensten ausgestellte Schreiben vom 27. Juli 2005 nichts, welches die Notwendigkeit einer Weiterbildung in diesem Fachgebiet ausdrückt. Es spricht eher dafür, dass an Fachstellen wie diesen lediglich speziell ausgebildetes Fachpersonal beschäftigt wird und Ärzte, die sich in diese Richtung spezialisieren möchten, die notwendigen praktischen Kenntnisse in der Abteilung externe psychiatrische Dienste erlangen können.

Dem Gesagten zufolge erweist sich die Beschwerde somit als unbegründet und ist demzufolge abzuweisen.

4. (…)

5. (…)