Erwägungen

3.1 Art. 257a Abs. 2 OR sieht vor, dass der Mieter die Nebenkosten nur dann bezahlen muss, wenn er dies mit dem Vermieter besonders vereinbart hat. Diese Bestimmung bringt zum Ausdruck, dass diese Kosten grundsätzlich vom Vermieter zu tragen sind. Gemäss Lehre und Rechtsprechung hat der Mieter ausschliesslich für diejenigen Nebenkosten aufzukommen, die im Vertrag eindeutig und genau bezeichnet werden. Mangels einer speziellen Vereinbarung sind solche Kosten im Mietzins inbegriffen. Der Hinweis auf einen standardisierten Vertragszusatz wie z.B. die allgemeinen Bedingungen zum Mietvertrag reicht für das Erfordernis der besonderen Vereinbarung nicht aus. Dem Mieter kann nicht zugemutet werden, sich erst aufgrund einer sorgfältigen Konsultation der Vertragsbedingungen ein Bild zu machen, welche Nebenkosten von ihm zu tragen sind. Das gilt auch dann, wenn der Mieter im Vertrag ausdrücklich bestätigt, die allgemeinen Vertragsbedingungen zu kennen und zu akzeptieren. Denkbar wäre höchstens, dass die im Mietvertrag vereinbarten Nebenkosten durch die allgemeinen Vertragsbedingungen konkretisiert werden. Auch eine Abrede im Mietvertrag, wonach der Mieter alle Nebenkosten zu tragen hat, vermag der gesetzlichen Anforderung nicht zu genügen, weil sich nicht bestimmen lässt, welche Kosten der Mieter genau zu tragen hat (BGE vom 29. April 2002 [4C.24/2002], E. 2.1 und 2.4.2; 121 III 460 E. 2a; Urteil des Kantonsgerichts des Kantons Waadt vom 6.8.2004, E. 4.3 f., mp 3/05, S. 150 f.; Béguin, Klare Ausscheidung von Nebenkosten und Höhe der Akontozahlungen im Mietvertrag, mp 4/04, S. 169 ff.; Higi, Kommentar zum Schweizerischen Zivilgesetzbuch, Obligationenrecht, Teilband V2b, Die Miete, Art. 253 - 265 OR, 3. Auflage, Zürich 1994, Art. 257a-257b N 13 ff.; Lachat/Stoll/Brunner, Das Mietrecht für die Praxis, 4. Auflage, Zürich 1999, Kap. 14 N 1.5).

3.2 Im vorliegenden Fall werden die Betriebskosten im Mietvertrag unter der Rubrik Mietzins ausdrücklich als Nebenkosten erwähnt und dafür auch eine Akontozahlung vereinbart. Welche Kosten im Einzelnen unter die Betriebskosten fallen resp. von der Vermieterschaft konkret in Rechnung gestellt werden, geht aus dem unterzeichneten Mietvertrag aber nicht hervor. Mit Bezug auf die Heiz- und Warmwasserkosten ist im Mietvertrag - abgesehen vom zuvor erwähnten Abrechnungsdatum - gar nichts geregelt. Eine genaue, eindeutige Bezeichnung im Mietvertrag der konkret geschuldeten Nebenkosten liegt hier somit nicht vor.

Die Appellantin stellt sich diesbezüglich auf den Standpunkt, dass sich die Nebenkosten aus den allgemeinen Bestimmungen zum Mietvertrag ergeben. Dort seien die Heiz- und Warmwasserkosten und die übrigen Betriebskosten unter Ziffer 2.2. und 2.3. detailliert aufgeführt. Der Appellat habe diese Bestimmungen am 25. Mai 2004 zusammen mit dem Mietvertrag erhalten. Mietbeginn sei der 1. Juni 2004 gewesen. Der Appellat habe somit 5 Tage Zeit gehabt, um den Mietvertrag zu unterschreiben. Mit der Unterzeichnung desselben habe er auch die allgemeinen Bestimmungen akzeptiert resp. seien diese Vertragsinhalt geworden. Man könne nicht zwischen Deckblatt des Mietvertrages und den allgemeinen Bestimmungen unterscheiden. Es gehe um einen Vertrag. Im Weiteren müsse das Argument des Bundesgerichts, wonach dem Mieter eine Konsultation der allgemeinen Vertragsbedingungen nicht zugemutet werden könne, individuell beurteilt werden. Im vorliegenden Fall seien die allgemeinen Bestimmungen zum Mietvertrag nicht umfangreich und überschaubar. Die Nebenkosten seien gleich auf der ersten Seite aufgeführt. Schliesslich handle es sich beim Appellaten, der über einen Fachhochschulabschluss verfüge, um einen gebildeten Mieter, der das Lesen gewohnt sei und der überdies 1 Woche Zeit zur Vertragsdurchsicht gehabt habe.

3.3 Die Auffassung der Appellantin widerspricht der klaren gesetzlichen Regelung gemäss Art. 257a Abs. 2 OR. Die verlangte besondere Vereinbarung der Nebenkosten kann nicht einfach durch einen blossen Hinweis auf die allgemeinen Bedingungen zum Mietvertrag, in denen ein Katalog von möglichen Nebenkosten aufgeführt ist, unterlaufen werden. Würde ein solcher Verweis auf standardisierte Vertragszusätze als zulässig erklärt, könnte der gesetzlich verankerte Grundsatz, wonach die Nebenkosten mangels eindeutiger anderweitiger Abrede zu Lasten des Vermieters gehen, regelmässig umgekehrt werden und zwar eben gerade ohne besondere detaillierte Vereinbarung treffen zu müssen. Die Auffassung der Appellantin widerspricht aber auch der klaren, zuvor dargelegten bundesgerichtlichen Rechtsprechung. In den vorliegenden allgemeinen Bestimmungen zum Mietvertrag werden bei den Heiz- und Warmwasserkosten 9 Positionen und bei den Betriebskosten 14 Positionen aufgeführt, die nach Ansicht der Appellantin in Rechnung gestellt werden dürften. Angesichts dieser grossen Anzahl möglicher Nebenkosten kann wohl nicht ernsthaft behauptet werden, dass es für den Mieter, selbst wenn er als gebildet gilt, noch überschaubar ist, mit welchen konkreten Kosten er wird rechnen müssen. Er wird sich diesfalls bei Vertragsabschluss überhaupt kein Bild über den tatsächlichen Bruttomietzins machen können. Auch aus diesem Grund kann ein blosser Hinweis auf eine Auflistung verrechenbarer Nebenkosten in den allgemeinen Vertragsbestimmungen sicher nicht genügen. Zu guter Letzt ist hier darauf hinzuweisen, dass der Appellat den Mietvertrag bereits am 27. Mai 2004 unterzeichnet hat und daher davon auszugehen ist, dass er nicht - wie die Appellantin darlegt - 5 Tage, sondern bloss 2 Tage für die Durchsicht des Vertrages zur Verfügung hatte. Die Argumente der Appellantin vermögen nicht zu überzeugen. Der Appellat hat Anspruch darauf, dass ihm nur diejenigen Nebenkosten überbunden werden, die im Vertrag eindeutig und genau aufgeführt werden, was im vorliegenden Fall weder hinsichtlich der Heiz- und Warmwassernoch hinsichtlich der Betriebskosten erfolgt ist. Die Appellantin ging offensichtlich zumindest in Bezug auf die Heiz- und Warmwasserkosten auch selber davon aus, dass sie die Überwälzung derselben auf den Mieter nicht hinreichend vereinbart hatte, zumal sie gleich nach der vom Appellaten erfolgten Reklamation eine entsprechende Mietvertragsänderung ankündigte.

4.1 Mit der eben erwähnten Mietvertragsänderungsanzeige vom 25. November 2004 teilte die Appellantin dem Appellaten mit, dass die Heiz- und Warmwasserkosten per 1. April 2005 von der Betreiberfirma direkt in Rechnung gestellt würden. Ansonsten wurde keine Änderung vorgenommen. Insbesondere erfolgte auch keine detaillierte Angabe der vom Appellaten zu tragenden Betriebskosten. Mit Bezug auf diese Nebenkosten kann somit bereits an dieser Stelle festgehalten werden, dass mangels genauer Auflistung in der Mietvertragsänderungsanzeige nach wie vor eine besondere Vereinbarung der Betriebskosten fehlt und diese daher weiterhin nicht geschuldet sind. Die Appellantin hat die bereits bezahlten Betriebskosten-Akontozahlungen an den Appellaten zurückzuerstatten, wobei die Gesamtsumme angesichts des nunmehr seit 19 Monaten laufenden Mietverhältnisses CHF 2'660.-- beträgt und sich damit auch der mittlere Zins von 5% auf 1. März 2005 verschiebt. Für die Begründung dieser Rechtsfolge, welche die Appellantin als solche nicht konkret beanstandet hat, wird auf die Ausführungen im erstinstanzlichen Urteil verwiesen.

Zu prüfen bleibt, ob die Heiz- und Warmwasserkosten aufgrund der Mietvertragsänderung ab 1. April 2005 vom Appellaten zu tragen sind.

4.2 Gemäss Art. 269d Abs. 2 lit. b OR sind Mietzinserhöhungen nichtig, wenn der Vermieter sie nicht begründet. Dies gilt gemäss Art. 269d Abs. 3 OR und Art. 19 Abs. 1 lit. b Ziff. 3 VMWG explizit auch für andere einseitige Vertragsänderungen (vgl. auch BGE 121 III 460 E. 4a).

Im vorliegenden Fall hat die Appellantin keinerlei Begründung für die angekündigte Mietvertragsänderung geliefert. Der Hinweis darauf, dass die Heiz- und Warmwasserkosten neu direkt von der Betreiberfirma erhoben werden, ist entgegen der Darstellung der Appellantin keine Begründung, sondern bloss die einzuführende Änderung. Mangels Begründung erweist sich die Mietvertragsänderung als nichtig.

Die Appellation ist daher abzuweisen und das erstinstanzliche Urteil mit der unter Ziffer 4.1 vermerkten Änderung zu bestätigen.