1. Die Beschwerde vom 21. Januar 2013 wird im Umfang von CHF 46‘157.00 gutgeheissen. Ziffer 1 der Verfügung vom 20. Dezember 2012 wird aufgehoben und der Saldo
der Betriebsbeitragsabrechnung 2009 für die Abteilung erwachsene Behinderte des
Zentrums Y wird auf CHF 231‘140.00 zu Gunsten des Kantons festgesetzt. Die Beschwerdeführerin wird verpflichtet, dem Kanton Bern den Betrag von CHF 231‘140.00
zurückzuerstatten.

2. Soweit weitergehend und soweit darauf eingetreten wird, wird die Beschwerde abgewiesen.