Die St. Petersinsel ist samt dem sie umgebenden Gewässerbereich
als Objekt Nr. 1301 «St. Petersinsel-Heidenweg» im Bundesinventar der Landschaften und Naturdenkmäler (BLN) verzeichnet, ferner als Objekt Nr. 275 «Petersinsel» im Bundesinventar der
Moorlandschaften von besonderer Schönheit und von nationaler Bedeutung. Nördlich der Neuenburgerländti befinden sich Flachmoore von regionaler Bedeutung (Objekte Nrn. 12938 und
13347), unmittelbar südlich des Stegs in der Jakobsbucht ein Flachmoor nationaler Bedeutung
(Objekt Nr. 2383 «Heideweg»). Die St. Petersinsel bildet ferner Teil des Wasser- und Zugvogelreservats von nationaler Bedeutung Nr. 111 «Hagneckdelta und St. Petersinsel».