11 Abs. 1 FPV40 kann der Fahrplan während der Geltungsdauer geändert werden, wenn Umstände eintreten, die bei der Erstellung nicht voraussehbar waren. Will ein Unternehmen seinen Fahrplan ändern, so muss es den Entwurf der Änderung mindestens acht Wochen vor deren Inkraftsetzung dem Bundesamt für Verkehr (BAV) einreichen und die betroffenen Kantone darüber orientieren. Die Änderung ist zu begründen (Art. 11 Abs. 2 FPV). Änderungen, die nach der Verordnung vom 11. November 2009 über die Abgeltung des regionalen Personenverkehrs bestellte Leistungen betreffen oder beeinträchtigen, können nur im Einverständnis mit den Bestellern vorgenommen werden (Art 11 Abs. 3 FPV).