En plus de l'atteinte au rendement de la pêche, il faut relever l'impact du prélèvement sur la reproduction naturelle des poissons. Les préjudices causés par le prélèvement à la libre migration et aux frayères résultent des considérants 3e et 3g ci-dessus. Dans la mesure où ces préjudices ne remettraient pas en cause la survie de l'espèce dans le cadre de l'art. 31 LEaux, ils doivent toutefois être pris en considération en vertu de l'art. 33 al. 3 let. b LEaux. Sous régime du prélèvement, les déplacements des truites, par exemple des géniteurs, ne seront plus possibles que sur un nombre restreint de jours, en raison de la péjoration de la variabilité du courant.