Le 13 août 2003, la préfecture de Bienne a octroyé à la recourante 2 un permis de construire pour la mise en conformité du hangar sis sur la parcelle no J.________ (pose d'un
revêtement imperméable, installations et équipements servant à l'entreposage de
substances pouvant altérer les eaux). La description du projet était la suivante:
"Le hangar servira de local d'entretien et de réparation de véhicules et du matériel de la seule entreprise de transport qui utilise ce local et à abriter l'outillage nécessaire à cet usage, les fûts d'huile
minérale, les établis ainsi que les pièces de rechange pour le parc à véhicule de cette entreprise1.