1. Le recours du 19 décembre 2017 est partiellement admis dans la mesure où il est recevable. La décision de la Préfecture du Jura bernois du 21 novembre 2017 et la décision de l'Office des affaires communales et de l'organisation du territoire du 21 novembre 2016 sont confirmées. Le permis de construire est complété d'office selon le chiffre 2 du présent dispositif.