Ausgenommen sind zudem Baumschulen, Wald, die Baumbestände der Gärtnereien sowie die Obstbäume (Art. 2 BSchR). Im Aaretalschutzgebiet und in der Altstadt sind Bäume ab einem Stammumfang von 30 cm bzw. einem Durchmesser von circa 10 cm geschützt (Baumschutzzone A). Ihre Beseitigung ist nicht ausgeschlossen, bedarf aber einer Bewilligung (Art. 3 BSchR). Das Reglement sieht mehrere Bewilligungsgründe vor: