Für jeden beseitigten Baum ist in der Regel eine geeignete Ersatzpflanzung auf dem gleichen oder, in Ausnahmefällen, auf einem benachbarten Grundstück anzuordnen (Art. 5 Abs. 1 BSchR). Hängt die Beseitigung geschützter Bäume mit einem Baugesuch zusammen, so ist das Beseitigungsgesuch mit dem Baugesuch beim Bauinspektorat einzureichen (Art. 9 Abs. 1 BSchR). Die fachliche Beurteilung des Beseitigungsgesuchs obliegt der Stadtgärtnerei (ab 1. Januar 2013 „Stadtgrün Bern" genannt), die dem Bauinspektorat eine schriftliche Stellungnahme und einen Antrag zum Baumbeseitigungsgesuch unterbreitet (Art. 9 Abs. 2 BSchR).