Genehmigungsbehörde in diesem Verfahren ist das Bundesamt für Verkehr (BAV) und bei gewissen Grossprojekten das Eidgenössische Departement für Umwelt, Verkehr, Energie und Kommunikation (UVEK). Dagegen unterstehen die Erstellung und die Änderung von Bauten und Anlagen, die nicht ganz oder überwiegend dem Eisenbahnbetrieb dienen (Nebenanlagen), dem kantonalen Recht und damit der Zuständigkeit der kantonalen Bewilligungsbehörden (Art. 18m EBG).