Insbesondere wurde der so genannte Baldachin soweit verkürzt, dass er im Norden gegen das Bahnhofgebäude nicht mehr die Nordfassade der Heiliggeistkirche überragt. Zudem stellte die Stadt Bern ein Gesuch für eine Ausnahmebewilligung für die Anlieferung für die Christoffelunterführung via Schwanengasse. Das abgeänderte Vorhaben wurde erneut öffentlich aufgelegt. Der Regierungsstatthalter holte die notwendigen Fachberichte ein. Am 9. März 2006 wurde das Projekt nochmals in einem kleinen Punkt angepasst.