Aus diesen Gründen wird erkannt:

1. Der Rekurs wird teilweise gutgeheissen. Die Akten werden zur Neuberechnung der Steuerfaktoren i.S. der Erwägungen an die Steuerverwaltung des Kantons Bern zurückgeschickt.

2. Die Kosten des Verfahrens vor der Steuerrekurskommission, bestimmt auf eine Pauschalgebühr von CHF 1'300.--, werden der Rekurrentin anteilmässig im Betrag von
CHF 1'000.-- zur Bezahlung auferlegt.

3. Es werden Parteikosten im Betrag von pauschal CHF 400.-- (inkl. Mehrwertsteuer) gesprochen.