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Die 1. Strafkammer beschliesst:

1. Die Beschwerde wird teilweise gutgeheissen. Ziffer 3 des Entscheides der Polizeiund Militärdirektion des Kantons Bern vom 29. Oktober 2018 (2018.POM.523) wird insofern aufgehoben, als die Verfahrenskosten auf CHF 1‘700.00 festgesetzt wurden.
Die Verfahrenskosten werden auf CHF 1‘400.00 festgesetzt.

Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen, soweit darauf eingetreten wird.

2. Das Gesuch des Beschwerdeführers um unentgeltliche Rechtspflege unter Beiordnung von Advokatin B.________ als amtliche Rechtsbeiständin wird gutgeheissen.