Es wurde bereits darauf hingewiesen, dass sich die Vergütungssysteme der EU und des ehemaligen BBW insofern sehr nahe stehen, als beide den Umfang der Subventionsleistungen an die tatsächlich angefallenen (effektiven) Kosten knüpfen. Unterschiedlich ist neben der Berechnung des Gemeinkostenbeitrags insbesondere die numerische Begrenzung der Bemessungsgrundlage der Subventionen. Während das BBW für verschiedene Mitarbeiterkategorien unterschiedliche Maximalstundenansätze vorschreibt, fehlt im Annex II eine entsprechende Regelung.