Der (angenommene) Entwurf führte eine Unterscheidung zwischen normalen, besonderen und ausserordentlichen Lagen ein (sog. Drei-Stufen-Modell). Bei besonderen (Art. 6 EpG) und ausserordentlichen (Art. 7 EpG) Situationen kann der Bundesrat die notwendigen Massnahmen selbst anordnen. Der Vollzug verbleibt grundsätzlich bei den Kantonen. Die Botschaft liefert eine Beschreibung der besonderen Situation, nämlich einer "epidemiologischen Notlage", und nennt als Beispiele die mittelschwere Influenzapandemie und SARS.